Betriebsorganisationsplanung ist das zentrale Thema bei der Verbesserung der Prozesse in Krankenhäusern und Universitätskliniken. Die Betriebsorganisationsplanung wird in Abhängigkeit des Planungsstandes als Grob- und Feinplanung ausgeführt und untergliedert sich in die Beschreibung der Aufbau- und Ablauforganisation.
Die Ablauforganisation beschreibt die medizinischen, administrativen und logistischen Prozesse, mit denen das komplexe Geschehen um den Patienten bei einem (ambulanten oder stationären) Aufenthalt unter unterschiedlichen Aspekten dargestellt wird und überführt diese auf neue bauliche Strukturen. Eine detaillierte Festlegung von Aufgaben und Entscheidungsbefugnisse erfolgt im Zuge der Aufbauorganisation.
Die BO-Grobplanung wird bereits mit Erstellung des Raum- und Funktionsprogrammes erarbeitet. Die BO-Grobplanung legt Strukturen und Standards fest, die Einfluss auf das Raumprogramm haben. Bereits im frühen Planungsverlauf werden Zentrumsstrukturen und Zentrumskonzepte erarbeitet, die im Rahmen der Feinplanung weiter detailliert werden. In der BO-Feinplanung wird die Aufbau- und Ablauforganisation für jeden einzelnen Planungsbereich erarbeitet. Aufgaben, Kompetenzen und Verantwortlichkeiten werden festgelegt und Auswirkungen auf die Personalfunktionen in den einzelnen Bereichen untersucht. Die Betriebsorganisationsplanung bildet das theoretische Werkzeug für die Festlegung der neuen Organisationsformen. Die Abläufe selbst werden in einer BO-Simulation in der Praxis im Krankenhaus getestet.